Lietuvos pediatrų draugijos įstatai užregistruoti 1997 m.

Valdybą sudaro 15 narių, renkamų kas ketveri metai suvažiavimo metu, kraštų pediatrų draugijų pirmininkai bei Lietuvos vaikų pulmonologų draugijos ir Lietuvos vaikų gastroenterologų ir mitybos draugijos pirmininkai.